Masalah 1
Klorin dioksida dijana di-tapak menggunakan dua bahan mentah, tetapi kepekatan klorin dioksida yang ditambahkan ke dalam air daripada penjana tidak diukur dengan tepat.
Penyelesaian: Berkenaan kawalan dos, sesetengah loji air pada masa ini menggunakan-maklum balas air mentah, sesetengah menggunakan-maklum balas selepas air terawat dan sesetengahnya menggunakan gabungan kedua-duanya.
Masalah 2
Apabila isipadu suapan penjana disinfektan campuran klorin dioksida/klorin adalah besar, kepekatan klorat dalam air terawat adalah sangat tinggi.
Penyelesaian: Untuk mengelakkan produk sampingan klorat yang berlebihan, piawaian kebangsaan (GB 28931-2012) menetapkan bahawa penjana pembasmi kuman campuran klorin dioksida/klorin yang digunakan untuk pembasmian kuman air minuman hendaklah mempunyai pemisah cecair gas.
Masalah 3
Apabila air mentah memasuki tangki pembekuan, klorin dioksida mempunyai bau yang kuat dan menjengkelkan, terutamanya diucapkan semasa suhu musim panas yang tinggi.
Penyelesaian: Tambahkan klorin dioksida dalam gelap atau terus ke dalam saluran paip air mentah untuk mengurangkan volatilisasinya. Ini berkesan menghalang bau klorin dioksida yang berlebihan daripada terpancar dari tangki pembekuan pada waktu siang dan pada bulan-bulan musim panas.
Masalah 4
Apabila kandungan besi dan mangan dalam air adalah tinggi, meningkatkan kadar suapan untuk memastikan rawatan besi dan mangan yang berkesan boleh membawa kepada tahap klorat dan klorit yang berlebihan dalam efluen.
Penyelesaian: Jika paras klorit yang berlebihan dalam efluen disebabkan oleh klorin dioksida semasa pra-pengoksidaan atau pembasmian kuman, garam ferus boleh ditambah untuk mengurangkan klorit.
Masalah 5
Kebanyakan loji air hanya mempunyai keupayaan untuk pengesanan cepat klorin dioksida dalam air proses, tetapi bukan untuk mengesan produk sampingan. Sesetengah loji air kecil tidak boleh melakukan pengesanan klorin dioksida sama sekali.
Penyelesaian: Untuk pengesanan klorin dioksida, kebanyakan loji air kini dilengkapi dengan instrumen ujian klorin dioksida mudah alih.